20世紀對台灣原住民族的教會與宣教，可謂意義非凡的時代，不只是因基督的福音傳入原住民族部落與社會，全台設立至少500餘間的教會，同時亦奠定了基督教會在原住民族群社會穩固的基礎，更顯示了教會在部落生活與發展的影響力。
玉山神學院在20世紀的原住民族宣教成果上，扮演不可忽視的重要推動力量。玉神可以說是為因應上帝國在原住民族社會的擴展，與基督福音在原住民族的拯救工作，適時呈現的神學與宣教機構。
其一，趕工訓練教會宣教人才。基督的福音在原住民族部落勢如破竹擴展，但禾場工人鮮少，玉神為因應教會迅速擴展，設立短期聖經神學訓練班，適時補足需用的傳道人才。
其次，部落宣教開展後，歸信者越來越多，需要足夠的禮拜空間，幾乎所有早期玉神畢業生都有著手與信徒興建部落第一間教堂的經歷。
第三，20世紀雖是教會及福音興盛的時期，卻因原住民教會對聖經與信仰認識不深，部落瀰漫假先知、異端，甚至風行所謂靈恩運動，迷亂並分裂了教會。玉神不斷召集中區會辦理護教與神學與信仰歸正訓練，使教會回歸聖經信仰教導。
第四，玉神畢業生在教會面對世俗化的衝擊，致力教導信徒信仰生活的實踐，使部落族人在基督的光照下，過有尊嚴、盼望、聖潔的生活。
面對新的時代劇變，玉神回應時代的宣教使命，亦要有所轉化。今日的原住民族教會信徒，水準顯著提高，神學訓練與素質無庸置疑應全面提升。其次，過去神學訓練的眼光，大都聚焦在台灣原住民族的教會與社會宣教，上帝國是不斷擴展的，如今應放眼於台灣整體社會與世界原住民族的宣教。玉神定位自己，是在原住民族的實況中從事神學宣教與服務，參與原住民族的生活與苦難，並使原住民族的生活，注入神學與信仰的價值與力量，真正實踐與力行，影響改變原住民族的生活。
神學內涵方面，我們仍需要大量研究不同的神學領域，使神學有許多豐富的觀點與面向，神學應該是一種可行性的工具，使人更了解上帝、更親近上帝，當我們訴說的對象是特殊的原住民族時，玉神的神學內涵可否讓信徒易於理解。
正值玉神設校69週年，除了肯定玉神為台灣原住民族神學與教會宣教做出的貢獻與努力，全體教會更熱切期待，玉神能再度回應時代需要的神學與宣教使命，開創21世紀原住民族宣教的神蹟。
