台南神學院的創立，乃主後1865年，醫師馬雅各來台展開醫療傳道後，有感培養本地宣教人才的需要，特別於1869年在台南二老口醫館之禮拜堂開辦「傳道者速成班」。嗣後在台南及高雄旗后成立「傳教者養成班」，及至1876年合併創辦了「台南大學」（神學校)，由牧師巴克禮擔任首任院長。迄今，已走過152年的歷史。
從創立典故端見，台南神學院是台灣最早設立的神學教育機構，同時也是台灣的第一所西式大學，更是台灣宣教與培養本土傳道人的「胎盤」和台灣教會的「第一顆心臟」。然而，要培育專業的傳道人，以及從事相關學術研究的侍奉人員來服事台灣教會和社會，建設台灣成為一個合乎上帝旨意的國度，神學院需要有靈性與悟性均佳的師資、願意委身和服事的神學生，還得要有合乎時宜的軟硬體設備等，才能造就出優秀的傳道人到教會、社會和機構服事，傳揚福音。
當然，要達成這樣的目標，並不容易，背後得要有強大的支撐力，即教會信徒的關心、禱告和奉獻，才能讓神學院永續經營、作育英才、牧養教會、傳揚福音、服事上帝、榮耀主名。畢竟，若沒有上帝的帶領，兄姊的熱心關懷，願意委身的神學生，以及優秀的老師投入神學教育工作，就無法成就理想。
神學院立案後，所需面對的功課及挑戰甚大，不但得接續過去未立案前所傳承下來的美好傳統，還得順應立案後，教育部的規範與要求，行政工作量暴增，師資的聘用也得符合教育部的資格，著實不易。然無論如何，這些功課都是一種新的挑戰，也是一種學習，儘管不易，仍得向前邁進。
現階段，懇切盼望眾兄姊能為南神老舊硬體建築物的更新、校園斑駁馬路的重新鋪設、立案後教務與行政系統得全面資訊化的龐大經費、成立實踐神學研究中心與師資培育基金，還有年年短缺的經常費，以及新建圖書館所積欠的6000多萬之費用擺上關心和奉獻，好讓學校能繼續往前走下去。
「教育是百年大計」，時值台南神學院的紀念主日，除了感謝過去眾人對於神學教育的關心之外，還是要藉此再次呼籲：每年的3月第三主日，是台灣基督長老教會訂定的台南神學院奉獻主日。長老教會設立此一紀念主日之目的，乃要藉以喚起教會的信徒，以及關心神學教育的兄姊，能為神學教育擺上關心、代禱與奉獻。
